Urodził się w 1976 roku w Espoo w Finlandii. Uczył się gry na skrzypcach u Gezy Szilvaya w Instytucie Muzyki w płd. Helsinkach. Studia rozpoczął u Tuomasa Haapanena w 1985 roku, następnie w latach 1992-96 u Miriam Fried i Paula Bessa w Indiana University School of Music. W 1995 roku, jako pierwszy Fin, zwyciężył w Międzynarodowym Konkursie Skrzypcowym im. Sibeliusa i otrzymał specjalną nagrodę za najlepsze wykonanie Koncertu skrzypcowego Sibeliusa. Od tego czasu zdobył wiele nagród, nagrywa też dla firmy Ondine.
Fiński skrzypek Pekka Kuusisto jest jednym z najbardziej wszechstronnych i wyróżniających się obecnie muzyków. Coraz częściej prowadzi zespoły od pulpitu skrzypcowego. To, co wyróżnia go na tle innych skrzypków jego pokolenia, to jego potrzeba i zdolność improwizacji oraz zamiłowanie do wykonywania muzyki w wielu różnych stylach, z taką samą intensywnością w odniesieniu do każdego gatunku muzyki (folk, jazz, muzyka elektroniczna).
Pekka Kuusisto gra na skrzypcach Giovanniego Battisty Guadagniniego (1752) użyczonych przez Finnish Cultural Foundation.