Jest najstarszym męskim chórem studenckim w Polsce i jednym z najstarszych w Europie. Został założony w listopadzie 1878 roku. W ciągu 129 lat był dwukrotnie oficjalnie rozwiązywany (w czasie 1939-45 oraz z powodu represji komunistycznych 1949-57). Chór jest stale obecny w krakowskim życiu kulturalnym, występując podczas wszystkich uroczystości uniwersyteckich: inauguracji roku akademickiego (1 X), Święto Almae Matris Iagiellonicae (12 V), nadawanie tytułów doctor honoris causa wybitnym uczonym. Chór dziewięciokrotnie śpiewał dla Ojca Świętego Jana Pawła II (1979, 1983, 1989, 1991, 1997, 1998, 2001, 2002, 2003) w Watykanie, Castel Gandolfo i w Krakowie. Uczestniczy w powitaniach wybitnych gości Uniwersytetu Jagiellońskiego (np. F. Foch, S. Wiesenthal, K. Penderecki, F. Mitterand, G. Andreotti, G. Bush).
W repertuarze chóru są pieśni świeckie i religijne, od renesansu po współczesność (M. Gomółka, G.P. da Palestrina, D. Bortniański, F. Schubert, J. Brahms, W. Lachmann, A. Koszewski, J. Świder, H.M. Górecki). Zespół 52 razy wyjeżdżał na koncerty zagraniczne, prestiżowe konkursy chóralne, m.in. w Budapeszcie (1937), Vittoria (1983), Arezzo (1989), Peskara (1997), Międzyzdroje (1997) i Madryt (2007).
Krakowski Chór Akademicki UJ nagrał i wydał 6 płyt CD, z których za najważniejszą uważa „Oremus pro Pontifice nostro Johanne Paulo II“, dedykowaną i wręczoną Janowi Pawłowi II (1998) „w 20. rocznicę Pontyfikatu od 120-letniego Chóru UJ”. Dwie ostatnie CD (IX Symfonia Beethovena oraz Msza koronacyjna Mozarta) zostały nagrane z chórami uniwersyteckimi Wrocławia i Warszawy oraz z orkiestrą uniwersytecką z Heidelbergu.
Od 1995 chór jest członkiem Europejskiej Federacji Chórów „Europa Cantat“ z siedzibą w Bonn. W ramach współpracy z Europejską Akademią Chóralną z Mainz (Niemcy) uczestniczył w jej koncertach, na których wykonano VIII Symfonię Mahlera w Niemczech, Francji i Austrii (1998) i Requiem dla młodego poety B.A. Zimmermanna, wystawione we Freiburgu i w słynnej Carnegie Hall w Nowym Jorku (1999). Od października 2007 KCHA UJ prowadzi Zygmunt Magiera. Od ponad 19 lat kierownictwo ogólne zespołu sprawuje Wiesław Kudzia, absolwent i pracownik Uniwersytetu Jagiellońskiego, inicjator i organizator pracy artystycznej (w tym nagrania CD) oraz wielu koncertów i tournées krajowych i zagranicznych.
Od jesieni 2006 roku, obok tradycyjnego chóru męskiego, działa w Uniwersytecie Jagiellońskim także chór żeński. Oba zespoły występują niezależnie, ale także – jako chór mieszany – koncertują razem pod dyrekcją Włodzimierza Siedlika, dyrektora artystycznego Chóru Polskiego Radia w Krakowie. Oba chóry nagrały wspólnie materiał na dwie przygotowane do wydania płyty CD, na których znajdą się kolędy oraz kompozycje Henryka Mikołaja Góreckiego. W listopadzie 2007 żeński chór śpiewał na Litwie, a w grudniu oba chóry koncertowały w Madrycie (dyr. W. Siedlik i A. Gertner). Podczas tamtejszego Międzynarodowego Festiwalu Bożonarodzeniowego prezentowały utwory kompozytorów polskich (Gomółka, Górecki, Świder) oraz polskie kolędy.