Orkiestra Filharmonii Monachijskiej powstała w 1893 roku z inicjatywy Franza Aima, syna producenta fortepianów. W latach 1908-14 pierwszym dyrygentem zespołu był Ferdynand Löwe. Prowadził orkiestrę również Gustav Mahler w premierowych prezentacjach swych IV i VIII Symfonii. W 1911 roku, dwa miesiące po śmierci Mahlera, orkiestra wystąpiła z premierowym wykonaniem jego Pieśni o ziemi pod batutą Bruno Waltera.
Po F. Löwe orkiestrę prowadzili: Siegmund von Hausegger, Oswald Kabasta, Eugen Jochum, Hans Rosbaud, Fritz Rieger i Rudolf Kempe, nazywany „dyrygentem czarodziejem”, który objął zespół w 1967 roku i prowadził do końca życia (1976).
W 1979 roku koncertował z Filharmonią Monachijską Sergiu Celibidache, który wkrótce objął jej kierownictwo artystyczne i odbył z zespołem wiele udanych tournées po Europie, obu Amerykach i po Dalekim Wschodzie.
W 1985 roku orkiestra otrzymała własną salę koncertową (poprzednia została zniszczona podczas bombardowań w 1944 roku).
W latach 1999-2004 głównym dyrygentem Filharmoników Monachijskich był James Levine. Odbyli razem wielkie trasy koncertowe (Europa, USA). Od 2004 roku generalnym dyrektorem muzycznym jest Christian Thielemann.
W 2003 roku Związek Niemieckich Wydawców Muzycznych przyznał Filharmonikom Monachijskim nagrodę za „Najlepszy Program Koncertowy Sezonu 2003/2004”. Pod tytułem „Młodzież słucha!“ (Jugend horcht) Filharmonicy Monachijscy stworzyli obszerną ofertę muzyczną dla dzieci i młodzieży. Dzięki koncertom kameralnym dla dzieci, koncertom szkolnym i młodzieżowym, warsztatom, wizytom na próbach, odwiedzinom filharmoników w szkołach, demonstracjom instrumentów oraz abonamentom dla uczniów i studentów dzieci i młodzież uzyskały wielostronne możliwości zapoznania się z muzyką klasyczną oraz pracą wielkiej orkiestry symfonicznej. W sezonie 2004/2005 w około 160 imprezach tego rodzaju wzięło udział łącznie 25 tysięcy młodych słuchaczy.