Zespół powstał w 1988 roku, w Instytucie Liturgicznym na Wydziale Teologicznym PAT pod przewodnictwem dyrygenta Włodzimierza Siedlika. Chór zadebiutował na inauguracji roku akademickiego 1988/89 i od tego czasu bierze czynny udział w uroczystościach uczelni, miasta oraz Kościoła krakowskiego. W swoim repertuarze posiada utwory kompozytorów polskich i zagranicznych wszystkich epok. Dekretem Wielkiego Kanclerza Papieskiej Akademii Teologicznej ks. Kardynała Franciszka Macharskiego, z dnia 31 maja 1996 roku stał się Chórem Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. Wielokrotnie brał udział w Tynieckich Recitalach Organowych, współpracował z Chórem Polskiego Radia w Krakowie oraz Telewizją Polską. Uczestniczył w przygotowaniu papieskich pielgrzymek w Krakowie (1991, 1997, 1999, 2002).
Od roku akademickiego 2001/02 w chórze śpiewają już nie tylko studenci specjalności Muzyka Kościelna utworzonej w 2001 roku na Wydziale Historii Kościoła PAT, ale także absolwenci i studenci z innych wydziałów PAT oraz innych uczelni Krakowa. Kuratorem Chóru jest ks. dr Robert Tyrała.